建设单位、总包单位、专业承包单位签订了三方协议，专业承包单位实际为建设单位直接发包，但在三方协议中建设单位未盖章确认。但该专业承包单位的工程款由业主直接支付，是否可认为建设单位直接发包

解析：不能认定为业主直接发包，所谓直接发包是指业主与专业承包单位之间建立建设工程施工合同关系，专业承包单位与总包单位之间不存在建设工程施工合同关系，建设单位直接向专业承包单位付款并不等于建设单位与专业承包单位之间构成了建设工程施工合同的权利义务关系。建设单位直接向专业承包单位付款的行为只是付款方式的一种变更，即建设单位将本应支付给总包单位款项直接支付给专业承包单位，金额等于总包单位应付给专业承包单位的款项金额，从法律关系上分析，总包单位将对专业承包单位的债务转移给了建设单位，但建设单位与专业承包单位之间未建立建设工程施工合关系。也就是说只有在建设单位与专业承包单位直接签订一份建设工程合同，才能认定为建设单位直接发包。在问题所述的情况中，虽然建设单位、总包单位、专业承包单位签订了三方协议，但是建设单位并没有盖章确认，因此，建设单位并不是这份合同的当事人，这份合同的当事人是总包单位和专业承包单位，总包单位与专业承包单位之间构成分包关系，如果有证据证明专业承包单位是建设单位指定的，那么该分包可以认定为建设单位的指定分包