2009年12月5日，甲、乙、丙、丁分别出资100万元、80万元、120万元、200万元设立了A有限责任公司（以下简称A公司）。公司设立股东会、董事会、监事会

解析：（1）首次股东会由股东丁召集和主持符合规定。根据《公司法》的规定，有限责任公司首次股东会会议由出资最多的股东召集和主持。本题中，丁是出资最多的股东，首次股东会由丁召集和主持符合规定。
（2）对于股东甲的行为，应当由甲补足其差额，乙、丙、丁承担连带责任。根据《公司法》的规定，有限责任公司成立后，发现作为设立公司出资的非货币财产的实际价额显著低于公司章程所定价额的，应当由交付该出资的股东补足其差额，公司设立时的其他股东承担连带责任。
（3）股东丙可以直接向人民法院提起诉讼。根据《公司法》的规定，监事执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失的，有限责任公司的股东、股份有限公司连续180日以上单独或者合计持有公司1％以上股份的股东，可以书面请求董事会或者不设董事会的有限责任公司的执行董事向人民法院提起诉讼。董事会、执行董事收到股东的书面请求后，拒绝提起诉讼，或者自收到请求之日起30日内未提起诉讼，或者情况紧急、不立即提起诉讼将会使公司利益受到难以弥补的损害的，股东有权为了公司的利益，以自己的名义直接向人民法院提起诉讼。
（4）A公司拒绝收购股东乙股权的做法不符合法律规定。根据《公司法》的规定，有限责任公司合并、分立、转让主要财产的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权，退出公司。本题中，股东乙可以请求公司按照合理的价格收购其股权，退出公司，故A公司拒绝收购的做法不符合法律规定