计算甲公司取得乙公司股权投资的初始投资成本，并编制投资当日的相关会计分录

解析：非同一控制下的企业合并中，购买方应当按照确定的企业合并成本作为长期股权投资的初始投资成本。企业合并成本包括购买方付出的资产、发生或承担的负债、发行的权益性证券的公允价值之和。
购买方以固定资产为支付对价的，按固定资产公允价值3 480万元（3 000×1.16）确定长期股权投资合并成本，固定资产公允价值与账面价值的差额确认为资产处置损益；发行权益性证券的，按权益性证券公允价值5 000（1 000×5）确定长期股权投资成本，支付给券商等承销机构的佣金及手续费冲减资本公积；发生的审计、法律服务、评估咨询等中介费用及其他相关管理费用，应当于发生时计入当期损益。