“体育乃是个人由童年至成人整个发展过程的一部分”，强调儿童应“经由游戏、运动、手工艺与直接熟习自然的方式学习”。这一理论是（）提出的

解析：本题考查的是西方中世纪体育的知识点。
B项，18世纪法国启思想家、哲学家、教育家和文学家卢梭，提出“体育乃是个人由童年至成人整个发展过程的一部分”，强调儿童应“经由游戏、运动、手工艺与直接熟习自然的方式学习”。故正确。
A项，文艺复兴以后，英国哲学家、教育家洛克明确的把教育分成体育、德育、智育，把体育放在三育之首，并强调指出“健全的精神寓于健全之身体”，主张在宫廷训练学校中开设体育课程。故排除。
C项，夸美纽斯是推动学校体育发展成为课程的先驱者，他确立了学年和班级教学制度，并提出了一系列教学原则。故排除。
D项，杜威从思维角度出发，指出教学反思一般思维历程，“暗示-问题-假设-推理-行动验证-预测”等解决问题的“六个阶段”，这六个阶段并不是按一定的次序一个接一个地出现。相反，在真正的思维中，每个阶段都有助于一种暗示的形成。体育教师教学反思过程实质就是“发现问题-探究问题-解决问题”三阶段螺旋式上升的过程。故排除。
综上，正确答案为B